بعد از اینکه حوزه فقاهتی و مجمع علمی قم در سال 1340 قمری پی ریزی شد، کتابخانه آیت الله حائری یزدی  با تلاش آیت الله شیخ عبدالکریم حائری از فقهای شیعه، در شب بیستم جمادی الثانی 1349 قمری و شب ولادت حضرت زهرا مصادف با 21 آبان سال 1309 شمسی در حوزه علمیه فیضیه قم افتتاح شد. از سال 1315 شمسی که آیت الله حائری فوت شد آیات عظام حاج سید محمدتقی خوانساری، حاج سید محمد حجت و سید صدرالدین صدر به ترتیب سرپرست حوزه فیضیه شدند. 

توسعه بنای کتابخانه و تهیه کتابهایی که تا پیش از این کمتر در دسترس طلاب و محققان بود از زمان آیت الله بروجردی، سرپرست جدید حوزه علمیه فیضیه انجام شد.   

وقتی آیت الله بروجردی در سال 1340 شمسی درگذشت این کتابخانه مورد عنایت مراجع قم به ویژه آیت الله سید محمدرضا گلپایگانی قرار گرفت، ایشان سالن مطالعه کتابخانه را گسترش داد. ساختمان کتابخانه در ضلع غربی و طبقه فوقانی مدرسه فیضیه قرار گرفته و سالن مطالعه و مخزن آن به هم متصل است.