کتابخانه حائری یزدی هم اکنون با حضور حجت الاسلام ستوده مدیریت می شود. در این مرکز علمی سه دفتردار، سه کتابدار، یک صحاف و دو خدمت دار مشغول به فعالیت هستند.

 در کتابخانه یک اتاق مستقل برای صحافی در نظر گرفته شده که دارای برخی اقلام مصرفی و برخی اقلام غیر مصرفی است. این بخش کمبودهایی مثل ماشین بُرش نیز دارد.

کتابخانه مدرسه فیضیه در حال انتقال از ساختمان قدیم به ساختمان جدید است که در ضلع شمال شرقی مدرسه قرار دارد. این ساختمان پیشرفته در پنج طبقه بنا شده و دارای امکانات و فضای بسیار عالی است.

طبقه زیرین، متعلق به تاسیسات و دستگاه‌های حرارتی و برودتی است. طبقه دوم زیر زمین، مخزن نگهداری نسخه‌های خطی است. طبقه اول و دوم، دو سالن مطالعه بزرگ با معماری بسیار زیبا است و طبقه سوم نیز به مخزن کتابخانه اختصاص دارد. 

مفروش بودن بخشی از سالن مطالعه طبقه همکف برای استفاده علاقه مندان مطالعه بر روی زمین و استقبال زیاد طلاب و روحانیون از آن، نشانگر استمرار روش‌های سنتی تعلیم و تعلم در این معتبرترین مرکز علمی شیعه در ایران است.

مراجعه کنندگان به کتابخانه مدرسه فیضیه علاوه بر طلاب و روحانیون، دانشجویان و دانش آموزانی هستند که برای ورود به آن، ملزم به حفظ ظاهر و حفظ برخی شئونات هستند.